流域水環(huán)境綜合治理中存在以下水利科學問題：

（1）流域河流、湖庫、濕地系統(tǒng)宏觀格局與支撐能力

（2）河流縱橫形態(tài)的生態(tài)影響規(guī)律

（3）流域不同尺度河流連通和生態(tài)基流維持

（4）不同水動力條件下污染物輸移過程和生態(tài)效應

（5）流域污染物容量總量控制和科學增容強凈

（6）水資源生態(tài)配置與節(jié)水減污社會建設

（7）農田溝渠生態(tài)化與生態(tài)型灌區(qū)建設

（8）河道硬質化的生態(tài)效應及改進和修復技術

（9）防洪堤壩安全穩(wěn)定與生態(tài)化協(xié)同技術

（10）水利工程與生態(tài)工程協(xié)同建設、運行和管理

（11）河流水生植物修復對行洪能力影響規(guī)律及對策

（12）調水引流和水力調控的科學原理與生態(tài)風險

流域水環(huán)境綜合治理的是我國水利發(fā)展的迫切需求，水利部門在流域水環(huán)境綜合治理中具有重要地位，應肩負起流域水環(huán)境綜合治理的主要責任，在認真研究和回答流域水環(huán)境綜合治理中存在的基本水利科學問題的基礎上，科學進行流域水系和水環(huán)境綜合治理規(guī)劃，合理構建流域水環(huán)境綜合治理的技術體系，為改善流域水環(huán)境、保障社會經濟可持續(xù)發(fā)展發(fā)揮出重要作用。